[open]

Đệ Tam hạm đội, Đô đốc Halsey

Missouri về đến Ulithi ngày 9 tháng 5 năm 1945 rồi tiếp tục đi đến Apra Harbor, Guam vào ngày 18 tháng 5. Trưa hôm đó, Đô đốc William F. Halsey, Jr., tư lệnh Đệ Tam hạm đội, đặt cờ hiệu của mình trên chiếc Missouri.[6] Nó rời cảng vào ngày 21 tháng 5, và đến ngày 27 tháng 5 lại tiếp tục nhiệm vụ bắn phá các vị trí của quân Nhật trên bờ tại Okinawa. Missouri giờ đây dẫn đầu Đê Tam hạm đội trong việc tấn công các sân bay và căn cứ trên đảo Kyūshū vào các ngày 2 và 3 tháng 6. Nó vượt qua được một cơn bão khốc liệt trong các ngày 5 và 6 tháng 6 vốn đã làm bung mũi tàu chiếc tàu tuần dương USS Pittsburgh. Một số cấu trúc bên trên bị vỡ, nhưng Missouri không bị thiệt hại nào đáng kể. Hạm đội của nó tiếp tục tấn công vào Kyūshū vào ngày 8 tháng 6, rồi sau đó phối hợp một đòn tấn công kết hợp mặt biển và trên không mạnh mẽ trước khi rút lui về phía Leyte. Nó về đến San Pedro, Leyte, vào ngày 13 tháng 6 năm 1945, sau gần ba tháng hoạt động liên tục hỗ trợ cho chiến dịch Okinawa.[2]

Tại đây nó chuẩn bị để dẫn đầu lực lựợng Đệ Tam hạm đội hùng mạnh đột kích thẳng vào trái tim của Nhật Bản ngay trong vùng biển nhà. Hạm đội khởi hành hướng lên phía Bắc vào ngày 8 tháng 7 để tiếp cặn hòn đảo chính của Nhật Bản, Honshū. Các cuộc không kích nhắm vào Tokyo diễn ra hoàn toàn bất ngờ vào ngày 10 tháng 7, rồi được tiếp nối bằng các cuộc tấn công mang tính chất hủy diệt hơn vào điểm nối giữa Honshū và Hokkaidō, hòn đảo lớn thứ hai trong quần đảo Nhật Bản, vào các ngày 13 và 14 tháng 7. Lần đầu tiên pháo hải quân đã phá hủy một công trình chủ yếu trong phạm vi các đảo chính quốc khi Missouri tham gia bắn phá bờ biển vào ngày 15 tháng 7 làm hư hại nặng công ty Nihon Steel và xưởng Wanishi Ironworks tại Muroran, Hokkaido.[2]

Trong các đêm 17 và 18 tháng 7, Missouri bắn phá các mục tiêu công nghiệp trên đảo Honshū. Các cuộc không kích vào biển Nội địa được tiếp tục cho đến ngày 25 tháng 7 năm 1945, và Missouri bảo vệ các tàu sân bay khi chúng tấn công thủ đô của Nhật Bản. Cho đến cuối tháng 7 Nhật Bản thực tế không còn có vùng “biển nhà” nào. Missouri dẫn đầu hạm đội kiểm soát được toàn bộ khoảng không và vùng biển dẫn đến các hòn đảo chính quốc Nhật Bản.[2]